کنیسای ملاحنینا با وسعت 127.66 متر مربع، یکی از کوچکترین و قدیمی‌ترین کنیساهای یهودیان تهران به شمار می‌رود.
این کنیسا در محله عودلاجان مشرف بر خیابان سیروس سابق، ضلع جنوبی بیمارستان دکتر سپیر، کوی تقوی (سرجمبک) پلاک 7 واقع شده.
قدمت این کنیسا، حکایت از اواخر قرن نوزدهم میلادی مصادف با حکومت مظفرالدین‌شاه قاجار دارد. اگرچه ساختمان آن در نیم‌قرن گذشته یکبار تغییریافته و بارها نوسازی شده، نیز با معماری قرن حاضر درآمیخته است، ولی هنوز، حال و هوای صدسال پیش را حفظ نموده است.
نام ملاحنینا ملامد یزدی به عنوان بنیانگذار این کنیسا ثبت شده است.
علت ساخت را به روایتی نداشتن وارث (فرزند) برای وی بوده، از این رو ملا حنینا جهت باقی گذاشتن نام خود تصمیم به ایجاد این کنیسا می‌کند.
سال 1283 خورشیدی ملاحنینا دار فانی را وداع می‌گوید و مسئولیت اداره کنیسا به شورای کنیسا واگذار می‌شود.
مرحوم نباتی (پدر آقای نباتی مدیر مدرسه اتحاد) به عنوان شالیح‌صیپور انتخاب می‌شود و آقای رحیم یاشارپور، برادران یوسفیه و مرحوم شموئل شمیان دیگر اعضای شورای کنیسا را تشکیل دادند.
کنیسا ملا حنینا در سیر طول عمر خویش، فراز و نشیب‌های متعددی را پشت سرگذاشته است. سال 1320 دنیا در آتش جنگ دوم می‌سوخت، رضاشاه به تبعید می‌رود و قوای متفقین ایران را اشغال می‌کند. تاخت و تاز و قحطی، فقر گرسنگی و سرایت امراض مسری گوناگون همانند طاعون، وبا، تیفویید و تیفوس تهدیدی است که دامنگیر شهرهای ایران می‌شود. محله عودلاجان هم از این امر مستثنی نمی‌ماند.
اگرچه از قبل کانون جوانان با مساعدت و کمک یوسف ملامد مسئول کنیسا ملاحنینا اطاقی را در این محل جهت ارائه خدمات درمانی اختصاص داده بودند، ولی با اوج‌گیری مشکلات بهداشتی، اجبارا کنیسا ملاحنینا رسما به عنوان اولین پایگاه کانون خیرخواه موجودیت خود را اعلام می‌نماید و دکتر سپیر در اطاقی که بدین منظور اختصاص داده بودند، شروع به معالجه بیماران به طور سرپایی می‌نماید.
سال 1328خورشیدی پس از پشت‌سرگذاشتن این بحران، هنگام تعمیرات داخلی سقف کنیسا فرو می‌ریزد. همزمان هیئت‌مدیره بیمارستان کانون خیرخواه که هفت سال از تاسیس آن می‌گذرذ جهت توسعه ساختمان بیمارستان، تقاضا ضمیمه شدن کنیسا ملاحنینا به بیمارستان را می‌کند که با مخالفت شورای کنیسا روبه‌رو می‌شوند.
بحث و جدل در این مورد، دوسال به طول می‌انجامد و اعضای کنیسا طی این مدت با چادری که بر سقف کنیسا نصب شده بود، مراسم مذهبی را به‌جای می‌آورند. بالاخره پس از کشمکش‌ها شورای کنیسا موافقت می‌کند به حیاطی در مجاورت بیمارستان نقل مکان کند و کنیسا ملاحنینا را به بیمارستان کانون خیرخواه واگذار می‌کند.
اما کنیسای جدید جوابگوی جمعیت روبه‌رشد را نداشت. و گنجایش آن حداکثر به پنجاه نفر می‌رسید در صورتی‌که مراجعه کنندگان گاهی به بیش از صد نفر می‌رسیدند، اغلب مجبور می‌شدند در حیاط کنیسا مستقر شوند.
شورای کنیسا بعد از پنج سال تصمیم به توسعه ساختمان کنیسا ملاحنینا را می‌گیرند، اما قبل از آن می‌بایست بودجه آن را تامین نمود. یوسف درخشان، خادم و عضو شورای کنیسا شخصا این امر را پی‌گیری می‌کند و اقدام به جمع‌آوری کمک‌های مردمی می‌نماید و حتی بدین‌منظور به تمامی کنیساهای موجود رجوع می‌نماید.
سال 1335 پس از اتمام کارهای ساختمانی، در مراسم بازگشایی در شب سیمخاتورا، طی یک مراسم یشوعایی، توراه‌هایی که موقتا به کنیسای دیگری برده بودند، با مراسمی خاص به کنیسا ملاحنینا منتقل می‌نمایند.
سال 1348 شورای کنیسا ملاحنیا در راستای بزرگ‌کردن فضای کنیسا، مجددا بخشی از حیاط را به ساختمان کنیسا اضافه می‌نماید. سال 1373 یوسف درخشان خادم کنیسا ملاحنینا پس از 40 سال خدمت دار فانی را وداع می‌گوید، بعد از فوت ایشان مسئولیت نگهداری کنیسا به برادرش نورا… درخشان که عضو شورای کنیسا و از خیراندیشان جامعه به شمار می‌رود واگذار می‌شود.
در حال حاضر به‌خاطر خالی شدن سکنه یهودی از محله عودلاجان، کنیسای ملاحنینا فقط در شبات‌ها عسارا می‌شوند و مراسم مذهبی را برگزار می‌نمایند. ضمنا در موعدیم نیز در بعضی از مراسم خاص، همه ساله از گوشه و کنار تهران جمعیتی بالغ بر 300 نفر گردهم می‌آیند تا مراسم لگ‌به‌عومر و سیمخا تورا را در این کنیسا برگزار نمایند. همچنین همه‌ساله مراسم کپروت (נועי) در این کنیسا انجام می‌شود.