به روایتی مهاجرت یهودیان به شهر کاشان بیشتر مربوط می شود به دوران تفتیش عقاید (قرن پانزدهم میلادی) در اروپا و نیز رانده شدن آنان از اسپانیا و مهاجرت اجباری جمع کثیری به ایران و اقامت گزیدن آنان در کاشان . اگرچه نحوه گویش یهودیان کاشان به نوعی نشانگر یک سابقه تاریخی مربوط به اوایل قرن سیزدهم میلادی مقارن با دوران حکومت سلجوقیان به ویژه در اطراف روستاهای کاشان می باشد.
از قدیم الایام کاشان یکی از مراکز عمده بازرگانی و از شهرهای پر جمعیت یهودی نشین به شمار می رفته و یهودیان آن در کسب و کار موفق و اغلب در رفاه نسبتاً خوبی زندگی می کردند. بعدها مهاجرت یهودیان به شهر کاشان به جهت رونق تجارت ابریشم در دوران صفویه فزون بیشتری به خود گرفت، بطوریکه آمار جمعیت آنان در دوران قاجاریه به بیش از هفت هزار نفر رسیده بود و این در حالی بود که جمع کثیری از آنان طی سده های گذشته اجباراً تغییر کیش داده بودند. یهودیان کاشان، مانند یهودیان دیگر شهرها، با گذشت زمان فراز و نشیب های متفاوتی را تجربه کرده بودند، شاید یکی از مهم ترین آن در دوران حکومت صفویان (اوایل قرن هفدهم) هنگام سلطنت شاه عباس دوم می باشد، که به شدت تحت فشار و مورد تبعیض قرار گرفتند.
پس از مهاجرت یهودیان تبعیدی و ورود راب های اسپانیا (رهبران مذهبی) در قرن پانزدهم میلادی به کاشان و تاسیس بیت همیدراش ( مراکز فرهنگی و مذهبی ) این شهر در طی مدت کوتاهی با رشد و توسعه فراگیر فرهنگی و مذهبی یهودیان تا آغاز نیمه دوم عصر صفوی روبرو شد.
دیری نپایید، با شروع حکومت شاه عباس دوم تحولاتی شومی برای یهودیان کاشان شکل گرفت و تغیر کیشی هفت ساله بر آنان تحمیل شد. به عبارتی این حرکت را می توان به نوعی آغاز یهود ستیزی های گسترده در ایران به شمار آورد. جمعیت کثیری از یهودیان کاشان به اجبار به دین اسلام روی آوردند و پس از مدتی جمعی از ثروتمندان جدید الاسلام با پرداخت جزیه و با کمک یکی از فقهای شیعه ملامحسن فیض کاشانی دوباره به آیین یهودیت بازگشتند.
شاعر و مورخ یهودی ” بابایی بن لطف ” زاده کاشان در منظومه خود اینگونه شرح داده، در آن دوران دشوار و پر مصیبت که یهودیان تحت فشار قرار داشتند، ملا محسن فیض کاشانی از علمای صاحب نام شیعه و از آیات عظام قرن یازدهم هجری قمری با یهودیان تماس می گیرد و از ارتباط و نزدیکی خود با شاه عباس دوم سخن می گوید و حتی اضافه نموده که وقتی شاه عباس به بازدید شهر کاشان می آید و قصد نمازگزاردن دارد پشت سر ملامحسن می ایستند از این رو ملامحسن به یهودیان کاشان قول می دهد که در نخستین فرصت دیدار با شاه عباس از او خواهد خواست که دستور دهد، این ظلم و ستم علیه یهودیان متوقف شود، آنطور که “بابایی بن لطف” در اشعار خود بیان نموده، ملامحسن فیض کاشانی واقعاً به وعده خود عمل کرد و باعث گردید آزار و اذیت علیه آنان در آن برهه فروکش کند.
پژوهشگران فارسیهود اهمیت مطالب کتب بابایی لطف به ویژه کتاب (وقایع نامه) را که کاملاً بیانگر جزییات مشکلات یهودیان در دوران صفویه و نیز انسجام آنان در تشکیلات اجتماعی و وابستگی های مذهبی جامعه یهودیان آنوسی کاشان در همه ابعاد به ویژه در راستای کسب و امرار معاش ، روابط اجتماعی با مسلمانان کاشان و مهاجرت آنان از کاشان بطرف سرزمین عثمانیان و نیز اطلاعات وقایع مهم تاریخی در آن برهه ، ارج نهاد و بسیار حائز اهمیت می دانند .
از دیگر شعرای یهودی کاشان ملا بنیامین بن ملا میشاییل ملقب به «امینا» می باشد، او در واقع نخستین شاعر پیشکسوت یهودی در ایران به شمار می رود، که برای دیگر شعرای یهودی مانند شاهین و عمرانی که عمری را برای منظوم ساختن کتب مذهبی صرف نموده اند، سرمشق بوده است. «امینا» از شعرای قرن هجدهم میلادی (1632-1732) می باشد، او در بین مجامع ادبی و علمای مسلمان کاشان ارج و قرب بسیاری داشته است. کتب (ازهاروت) ، قوانین یهود و نیز (یوسف و ذلیخا) را به نظم درآورده، روایت است که قطعه شعری نیز در مدح اشرف افغان سروده است. طولانی ترین منظومه او ( عقیدت یسحاق ) می باشد که حدود سیصد بیت دارد و با زبانی حماسی روایت گر واقعه قربانی اسحاق است. از دیگر آثار وی عبارتند از: «احتراز نامه» ،«مناجات نامه» ،«پوریم» ،«دوازده اسباط» ،«سرگذشت امینا با همسرش» و « دلسرد شدن از زنان ».
شاعران و دانشمندان بسیاری از کاشان برخواستند که مهم ترین آنان عبارتند از : ،«دان شموئیل» ،«بابایی بن فرهاد» ،«شموئیل پیر احمد» ،«بنیامین بن الیاهو» ،«سرمد صوفی» ،«ربی یهودا بن العازار»، فیلسوف و فقیه صاحب کتاب ارجمند( حبوت یهودا ) ،«یهودا لاری». همچنین هنرمند و موسیقیدان بزرگ عصر قاجار ،” موسی خان کاشی ” را می توان به این اسامی اضافه نمود.
طبیبان معروفی چون حکیم هارون، حکیم نور محمود، حکیم افلاطون، حکیم یعقوب، دکتر لقمان نهورای وکیل مجلس شورای ملی (از دوره دوم تا دوره سیزدهم) ، مراداریه نماینده دوره های پانزدهم، هجدهم، نوزدهم و بیستم مجلس شورای ملی، خانواده قرمزیان از سرمایه داران بزرگ کانادا، فقیه نامدار و رهبر مذهبی کلیمیان ایران (حاخام یدیدیا شوفط) و (فرزندش راب داوید شوفط) رهبر مذهبی ایرانیان یهودی در آمریکا و یکی از بزرگ ترین صاحبان صنایع نساجی در انگلستان«لرد دیوید آلیانس» و بسیاری دیگر از شخصیت های صاحب نام که اهل کاشان می باشند و در اقصی نقاط دنیا پراکنده اند.
کاشان یکی از شهرهای مذهبی ایران به شمار می رود، یقیناً حیات فرهنگی و مذهبی یهودیان کاشان نیز به نوعی مرهون مهاجرت یهودیان سفارادی از اسپانیا در قرن پانزدهم میلادی می باشد، به ویژه ورود ربانوت ( فقهای دینی ) و مذهبیون که در گسترش علوم مذهبی تأثیر بسزایی داشته اند. انجام فرایض مذهبی، ترویج و پاسداری از شریعت یهود در کاشان، در مقایسه با دیگر شهرهای یهودی نشین، بقدری گسترش پیدا نموده بود که زمانی کاشان را اورشلیم کوچک (یروشلیم قاطان) می نامیدند.
همچنین نحوه خواندن تفیلاها ( دعا و نماز ) و قرائت توراه در شبات ها، برگرفته از ریتم و آهنگی است که یهودیان سفارادی سالها بطور سنتی در اروپا اجرا می کردند
مرکز تجمع یهودیان در شهر کاشان بیشتر در هفت منطقه به نام های کوچه محتشم، کوچه درب کلان، کوچه پادرخت، کوچه درب زنجیر، کوچه پاقپان، کوچه سرپله و کوچه ضرابخانه بوده است. در هر کوچه یک الی دو کنیسا ( تا اوایل دهه 1330 خورشیدی) مجموعا یازده کنیسا به نام های، کنیسای محله، کنیسای ملا، کنیسای حاجی یادگار، کنیسای حاخام الیاس، کنیسای سلیمان، کنیسای آموشه، کنیسای جاوید، کنیسای پنیریها ، کنیسای حکیم یحیی، کنیسای آشر و کنیسای ملا میخایل برپا بود.
پس از شکل گیری حکومت پهلوی کلیمیان کاشان، برای کسب آزادی بیشتر، رونق بخشیدن به کسب و کار و نیز برخودداری از امکانات تحصیلی بهتر برای فرزندانشان به مرور به تهران مهاجرت نمودند. بطوریکه تا قبل از وقوع انقلاب اسلامی جمعیت کلیمیان کاشان پانزده خانواده بیشتر نبود.
در حال حاضر شهر کاشان خالی از سکنه یهودی می باشد، از کنیساها جز یک الی دو تا، آنهم بصورت کاملاً مخروبه، آثاری بجای نمانده است. قبرستان یهودیان کاشان با سنگ هایی یا قدمت بیش از یکصد سال، به عنوان یک آثار تاریخی خودنمایی می کند.
همچنین زیارتگاه ملا موشه هلوی، که هر ساله پذیرای زائرین کلیمی و مسلمان از اقصی نقاط ایران می باشد ، این زیارتگاه در بین مسلمانان کاشان هم که به کرامت های این روحانی شناخت دارند، بسیار مورد احترام می باشد، ملا موشه هلوی یکی از بزرگ ترین مراجع فقهی کلیمیان ایران شمره می شود این عالم کبالایی کتابی در پرستش و پاسخ شرعی به نام ( شئلوت او تشوبوت) به نگارش درآورده است.